1897年，大韩帝国时代动荡混沌，时有不同罪案发生，别巡检调查队四出调查，找寻破案的线索。
　　别巡检第二季的时代背景为1897年大韩帝国的国号宣布之后，比第一季还要迟些。高宗自俄罗斯回国后自称为皇帝，由此朝鲜便变为帝国，以说明国家的自主性和独立性。并且施行了财政、教育、军事等几乎全方位的光武改革，令朝鲜向现代化迈进了一大步。因此这个时期应该是比第一季更为激动人心的时期，然而大韩帝国所寻求的新价值，让国民看到的却是比任何时候都强大的同一与自主的纷乱。